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遵循科技部《关于促进新型研发机构发展的指导意见》(国科发政〔2019〕313号)、《中共中央国务院关于构建更加完善的要素市场化配置体制机制的意见》等政策要求,航芯院为盘活创新资源,实现创新链条的有机重组,制定了灵活开放的项目合作机制。在项目合作中,根据实际需求自主选题,动态设立调整研发单元,灵活配置科研人员、组织研发团队、调配仪器设备,支持多渠道多种形式的项目合作,包括但不限于科技专项研发、科技创新平台建设和人才培育培养计划等,采用市场化用人机制、薪酬制度,激励科研人员开展科技成果转化。